Заметка пригодится мне, если опять забуду, а скорее всего, через пару дней уже забуду, т. к. работы много, а также всем, кто пользуется стандартным способом размещения keywords в Evo.

Открываем /manager/includes/extenders/deprecated.functions.inc.php

Находим функцию mergeDocumentMETATags и заменяем ее на 

function mergeDocumentMETATags($template) {
    	global $modx;
        if ($modx->documentObject['haskeywords'] == 1) {
            // insert keywords
            $keywords = $modx->getKeywords();
            if (is_array($keywords) && count($keywords) > 0) {
	            $keywords = implode(", ", $keywords);
	            $metas= "<meta name=\"keywords\" content=\"$keywords\" />\n";
            }

	    // Don't process when cached
	    $modx->documentObject['haskeywords'] = '0';
        }
        if ($modx->documentObject['hasmetatags'] == 1) {
            // insert meta tags
            $tags= $modx->getMETATags();
            foreach ($tags as $n => $col) {
                $tag= strtolower($col['tag']);
                $tagvalue= $col['tagvalue'];
                $tagstyle= $col['http_equiv'] ? 'http-equiv' : 'name';
                $metas .= "<meta $tagstyle=\"$tag\" content=\"$tagvalue\" />\n";
            }

	    // Don't process when cached
	    $modx->documentObject['hasmetatags'] = '0';
        }
	//if ($metas) $template = preg_replace("/(<head>)/i", "\\1\n\t" . trim($metas), $template);
	$template= preg_replace("/(<base)/i", $metas."<base", $template);
        return $template;
    }


При этом в шаблоне нужно тег base расположить после description.
Таким образом keywords вместо безобразного размещения в самом начале кода займут почетное место среди прочих метатегов.

Правильное расположение keywords

Еще один лайфхак для счастливых обладателей MODx Evo 1.2.1:
если вы после обновления что-то сделали не так и не можете найти привычную вкладку «Управление мета-тегами и ключевыми словами» в разделе Элементы, в режиме редактора кода измените ссылку на «Управление файлами» с index.php?a=31 на index.php?a=81 — при щелчке по «Управление файлами» откроется то, что вы ищете.

Всем пис кроме Елены Бредовой, которая торчит мне за работу по biosphere.ru